Der Anbau von Zwischenfrüchten hat viele Vorteile: Der Anbau vor einer Sommerung bindet den Stickstoff der Vorfrucht, sodass er der Folgekultur im Frühjahr zur Verfügung steht. Darüber hinaus liefert die zusätzliche Pflanzen- und Wurzelmasse aus Zwischenfrüchten „Futter“ für die unzähligen Bodenorganismen. Für ein breites Nahrungsangebot sorgen dabei Zwischenfruchtmischungen, die aus vielen Arten bestehen. Der Vorteil gegenüber einer Reinsaat: Was eine Frucht nicht leistet, gleicht eine andere aus.
Weiterer wichtiger Effekt: Mit Zwischenfrüchten wird Humus aufgebaut. Er ist elementar für die Bodenfruchtbarkeit. Zudem erfüllt er in Ackerboden die Funktion einer CO2-Senke. Zum Humusaufbau tragen sowohl der oberirdische Aufwuchs als auch die unterirdische Wurzelmasse organisches Material bei. Die Menge hängt dabei vor allem von den Arten und der Bestandsetablierung ab. Eine über den Winter stehende Zwischenfrucht kann dem Boden bis zu 120 kg Humus-C je ha zuführen. Doch die Schwankungen sind groß und hängen neben der Pflanzenart vom Saatzeitpunkt und der Bestandesentwicklung ab. Je früher eine Zwischenfrucht eingesät wird, desto höher sind die Biomasseproduktion und die Nährstoffbindung. So kann Ölrettich unter guten Bedingungen etwa 4 t oberirdische Trockenmasse je ha bilden. Bei verspäteter Saat und Trockenheit können es auch nur 0,5 t je ha sein.
Auf jeden Fall profitiert jedoch das Bodenleben von Zwischenfruchtmischungen. Denn Vielfalt im Wurzelbereich fördert die Vielfalt bei den Bodenorganismen. Jede Pflanzenart wurzelt in einer unterschiedlichen Tiefe. Ihre Wurzeln lockern den Boden somit in unterschiedlichen Tiefen. Ihre Wurzelausscheidungen, sogenannte Exsudate, liefern Nahrung für die unterschiedlichen Bodenlebewesen. Die Pflanzen unterscheiden sich auch in ihrer Fähigkeit, Stickstoff zu fixieren. Leguminosen sind hier klar im Vorteil. Hier gilt es jedoch, die Vorgaben der Düngeverordnung zu beachten und den Leguminosenanteil in der Mischung für abfrierende Zwischenfrüchte danach auszurichten. Entsprechend darauf abgestimmte Mischungen werden vom Handel angeboten.
Regenwürmer, die einen wichtigen Beitrag zur Lebendverbauung leisten und maßgeblich am Aufbau von Ton-Humus-Komplexen beteiligt sind, bevorzugen Leguminosen. Deshalb ist es sinnvoll, einen gewissen Leguminosenanteil in der Mischung zu haben. Auch bei Trockenheit sind Mischungen im Vorteil, da die Mischungspartner unterschiedlich mit Trockenstress umgehen. Die letzten Trockenjahre haben gezeigt, dass insbesondere Phacelia, Rauhafer, Senf und Ramtillkraut am ehesten geeignet sind, Wasser- und Hitzestress zu begegnen. Mischungen stellen eine Art Rückversicherung dar, weil für jede klimatische Situation Pflanzen parat stehen.
Die Begrünung mit Zwischenfruchtmischungen verhindert ein Austrocknen der Flächen und schützt sie vor Erosion. Da sich in artenreichen Mischungen verschiedene Wuchshöhen ausbilden, entstehen unterschiedliche Stockwerke mit dichtem Pflanzenbewuchs – ähnlich wie in einem Mischwald. Die Wasserspeicherfähigkeit des Bodens verbessert sich. Auch in trockenen Jahren stellen abfrierende Zwischenfrüchte keine Wasserkonkurrenz für die nachfolgende Hauptfrucht dar. In der richtigen Kombination profitiert von der Pflanzenvielfalt in Zwischenfruchtmischungen die gesamte Fruchtfolge.
